De basis is gelijk aan de eisen voor het Europese keurmerk voor biologische landbouw, waarvan EKO een van de grondleggers is. Daarbovenop stelt EKO sinds maart 2016 de aanvullende eis dat boeren, verwerkers en handelaren elke 3 jaar concrete verbeterdoelen formuleren op ten minste twee duurzaamheidsthema’s uit de EKO-code. Boeren kunnen uit 8 thema’s kiezen, verwerkers en handelaren uit 10 thema’s. Thema’s in de EKO-code zijn bijvoorbeeld: energie en klimaat, dierenwelzijn en diergezondheid, biodiversiteit, natuur en landschap, eerlijke handel en andere sociale aspecten.

Een belangrijk uitgangspunt in biologische landbouw is de vruchtbaarheid van de bodem. Bij de groei van gewassen verbiedt het keurmerk om deze reden kunstmest en herbiciden en beperkt het de inzet van overige pesticides en reinigingsmiddelen. Daarnaast verplicht het gewasrotatie en stelt het eisen aan de herkomst en eigenschappen van het zaad. Ook moeten gangbare en biologische producten bij zowel teelt, oogst, opslag als transport gescheiden worden.