Het keurmerk van Rainforest Alliance betekent dat ontbossing is verboden en dat boeren duurzamere landbouwpraktijken volgen en de natuur helpen te beschermen. Boerenbedrijven werken met managementsystemen om arbeidsomstandigheden, arbeidsvoorwaarden, vakbondsvrijheid en bijdragen aan de lokale gemeenschap te verbeteren en duurzaam water- en afvalbeheer en spaarzaam pesticidegebruik te stimuleren. Voor vlees is er een aparte veehouderij-standaard die eisen stelt aan dierenwelzijn en milieubeheer. Zo traint de Rainforest Alliance boeren om professioneler te werken en de kwaliteit van hun land voor de toekomst te behouden. Begin 2018 is de Rainforest Alliance gefuseerd met UTZ.

Een belangrijk uitgangspunt in biologische landbouw is de vruchtbaarheid van de bodem. Bij de groei van gewassen verbiedt het keurmerk om deze reden kunstmest en herbiciden en beperkt het de inzet van overige pesticides en reinigingsmiddelen. Daarnaast verplicht het gewasrotatie en stelt het eisen aan de herkomst en eigenschappen van het zaad. Ook moeten gangbare en biologische producten bij zowel teelt, oogst, opslag als transport gescheiden worden.