Een belangrijk uitgangspunt in biologische landbouw is de vruchtbaarheid van de bodem. Bij de groei van gewassen verbiedt het keurmerk om deze reden kunstmest en herbiciden en beperkt het de inzet van overige pesticides en reinigingsmiddelen. Daarnaast verplicht het gewasrotatie en stelt het eisen aan de herkomst en eigenschappen van het zaad. Ook moeten gangbare en biologische producten bij zowel teelt, oogst, opslag als transport gescheiden worden.

Biologische vis is altijd kweekvis; wilde vis kan niet biologisch worden gecertificeerd. Het biologische keurmerk stelt eisen aan de herkomst van jonge visjes (juvenielen), het visvoer, de slachttechnieken, en kweeksystemen (waarbij ook rekening gehouden wordt met het risico op ontsnapping van kweekvis). Een deel van de eisen gaat over dierenwelzijn; vissen worden gehouden in een omgeving met een bodem die zo natuurgetrouw mogelijk is en in water met voldoende zuurstof.